종부세 합산배제를 신청하지 않으면 요건을 갖춘 임대주택·사원용주택·미분양주택·주택신축용 토지가 과세표준에 그대로 들어갑니다. 공시가격이 합산되는 것뿐 아니라 주택 수가 늘어나 3주택 이상 중과세율(과세표준 12억 초과분 최대 5.0%) 대상이 될 수 있다는 점이 더 큽니다. 2026년 신청 기간은 9월 16일부터 9월 30일까지입니다.
2026년 기준 요약
종부세 합산배제를 신청하지 않으면 요건을 갖춘 임대주택·사원용주택·미분양주택·주택신축용 토지가 과세표준에 그대로 들어갑니다. 공시가격이 합산되는 것뿐 아니라 주택 수가 늘어나 3주택 이상 중과세율(과세표준 12억 초과분 최대 5.0%) 대상이 될 수 있다는 점이 더 큽니다. 2026년 신청 기간은 9월 16일부터 9월 30일까지입니다.
※ 출처: 국세청 종합부동산세 안내, 종합부동산세법 시행규칙 별지 서식 세율표 (확인일 2026.9.15)
1. 합산배제를 빠뜨리면 과세표준부터 달라집니다
합산배제는 요건을 갖춘 임대주택, 사원용주택, 기숙사, 미분양주택, 주택신축용 토지를 종부세 과세대상에서 아예 빼주는 제도예요.
신청하면 그 물건은 과세표준 계산에서 빠집니다. 반대로 신청을 안 하면 요건을 충족한 물건이라도 11월 정기고지 때 공시가격에 그대로 합산돼요.
계산 순서는 이렇습니다. 개인이 가진 전국 주택 공시가격을 다 더하고, 거기서 기본공제 9억원(1세대 1주택자는 12억원)을 뺍니다. 그 금액에 공정시장가액비율 60%를 곱하면 과세표준이 나와요.
그러니까 공시가격 2억짜리 집이 추가로 합산되면 과세표준은 2억이 아니라 1억 2천만원이 늘어나는 구조입니다. 이게 출발점이에요.
2. 진짜 무서운 건 세율 구간입니다
여기가 다른 글에서 잘 안 다루는 부분인데요. 합산배제 주택은 과세대상에서 빠지니까 주택 수에도 안 들어갑니다.
신청을 빠뜨리면 그 집들이 전부 주택 수로 잡혀요. 임대주택 3채 가진 분이 깜빡하면 2주택 이하 세율이 아니라 3주택 이상 중과세율로 넘어가는 겁니다.
2026년 주택분 종합부동산세 세율 (개인)
| 과세표준 | 2주택 이하 세율 | 누진공제 | 3주택 이상 세율 | 누진공제 |
|---|---|---|---|---|
| 3억원 이하 | 0.5% | 0원 | 0.5% | 0원 |
| 3억~6억원 | 0.7% | 60만원 | 0.7% | 60만원 |
| 6억~12억원 | 1.0% | 240만원 | 1.0% | 240만원 |
| 12억~25억원 | 1.3% | 600만원 | 2.0% | 1,440만원 |
| 25억~50억원 | 1.5% | 1,100만원 | 3.0% | 3,940만원 |
※ 50억원 초과 구간은 국세청 종합부동산세 세율표에서 확인하세요. 3주택 이상은 최고 5.0%까지 올라갑니다.
보시면 과세표준 12억원까지는 세율이 같아요. 거기까지는 주택 수가 늘어도 세율 차이가 없습니다.
갈리는 건 12억을 넘는 순간이에요. 2주택 이하는 1.3%인데 3주택 이상은 2.0%가 붙습니다. 25억을 넘으면 1.5% 대 3.0%로 두 배가 돼요.
그리고 잊기 쉬운 게 하나 더 있습니다. 종부세액의 20%가 농어촌특별세로 따로 붙어요. 종부세 1,000만원이면 농특세 200만원이 추가돼서 1,200만원을 냅니다.
3. 사례 1 — 아예 안 내던 세금이 생기는 경우
제일 억울한 유형이에요. 신청만 했으면 0원인데 안 해서 세금이 발생하는 경우입니다.
본인 집 공시가격이 8억 5천만원이고, 합산배제 가능한 임대주택이 2억원이라고 해볼게요.
신청했을 때
8억 5천만원만 봅니다. 기본공제 9억원 이하라서 종부세 0원이에요.
신청 안 했을 때
10억 5천만원이 됩니다. 9억원을 빼면 1억 5천만원, 여기에 60%를 곱하면 과세표준 9천만원이에요.
9천만원 × 0.5% = 45만원. 여기에 농특세 9만원이 붙어서 약 54만원입니다.
2억짜리 집 하나 때문에 0원이던 세금이 54만원이 되는 거예요. 물론 실제 고지액은 재산세로 이미 낸 중복분을 빼기 때문에 이보다 낮아질 수 있습니다.
4. 사례 2 — 이미 내고 있던 사람이 더 내는 경우
이미 종부세 대상인 분이라면 추가분만큼 얹히는 구조입니다.
본인 집 공시가격 15억원에, 합산배제 가능한 임대주택 2억원이 있다고 볼게요.
신청했을 때
15억 − 9억 = 6억, × 60% = 과세표준 3억 6천만원
3억 6천만 × 0.7% − 60만 = 192만원
신청 안 했을 때
17억 − 9억 = 8억, × 60% = 과세표준 4억 8천만원
4억 8천만 × 0.7% − 60만 = 276만원
차이는 84만원, 농특지 포함하면 약 100만원입니다.
여기서 중요한 계산 원칙이 하나 있어요. 흔히 “추가 과세표준 1억 2천만원 × 세율”로 따로 계산하는데, 누진공제는 전체 과세표준에 딱 한 번만 적용됩니다. 추가분만 떼어내서 누진공제를 또 빼면 이중으로 공제돼서 금액이 틀려요. 전체 세액끼리 빼는 게 맞습니다.
5. 사례 3 — 세율 구간이 바뀌어버리는 경우
임대사업자가 가장 조심해야 할 유형이에요. 손해 규모가 앞의 두 사례와 자릿수부터 다릅니다.
거주 주택 공시가격 20억원에, 합산배제 가능한 임대주택 3채 합계 15억원이라고 해볼게요.
신청했을 때 (임대 3채 제외 → 1주택)
20억 − 9억 = 11억, × 60% = 과세표준 6억 6천만원
6억 6천만 × 1.0% − 240만 = 420만원
신청 안 했을 때 (4주택)
35억 − 9억 = 26억, × 60% = 과세표준 15억 6천만원
과세표준이 12억을 넘었으니 **3주택 이상 중과세율 2.0%**가 적용됩니다.
15억 6천만 × 2.0% − 1,440만 = 1,680만원
차이가 1,260만원이에요. 농특세까지 더하면 1,500만원이 넘습니다.
만약 중과 없이 2주택 이하 세율(1.3%)이었다면 1,428만원이었을 텐데, 주택 수가 늘어난 것만으로 252만원이 더 붙은 거예요. 합산배제 신고서 한 장 차이가 이만큼입니다.
임대주택 요건을 갖췄는지부터 헷갈리신다면 유형별로 정리해뒀어요.
6. 계산한 금액이 그대로 나오지는 않습니다
위 계산은 방향을 보는 용도예요. 실제 고지서 금액은 두 가지가 더 반영됩니다.
재산세 중복분 공제
같은 집에 대해 재산세를 이미 냈으니, 겹치는 부분만큼 종부세에서 빼줍니다. 그래서 실제 고지액은 계산값보다 낮아져요.
세부담상한
직전 연도에 낸 재산세와 종부세를 합친 금액의 150%를 넘지 못하게 막아둡니다. 갑자기 몇 배로 뛰는 일은 이 장치 때문에 잘 안 생겨요.
정확한 금액은 홈택스 간이세액계산이나 11월 고지서 상세내역으로 확인하시는 게 맞습니다.
7. 9월 30일을 넘겼다면
2026년 합산배제 신청 기간은 9월 16일부터 9월 30일까지입니다. 이 기간을 놓치면 11월 정기고지에 반영되지 않아요.
그렇다고 완전히 끝나는 건 아닙니다. 종부세는 12월 1일부터 15일까지 납부하는데, 이때 신고납부를 선택해서 합산배제 내용을 반영할 수 있는지 검토해볼 수 있어요.
이미 고지받은 대로 납부한 경우는 경정청구가 아니라 불복 절차(이의신청·심사·심판청구) 영역일 수 있습니다. 본인 상황에 맞는 방법은 국세상담센터 126 또는 관할 세무서 확인이 필요해요.
기한 후 대응은 절차가 훨씬 복잡합니다. 임대사업자 등록증, 임대차계약서, 임대료 증액률 자료를 미리 정리해두셔야 해요.
자주 묻는 질문
Q. 합산배제 신청 안 하면 세금이 무조건 늘어나나요?
아닙니다. 합산배제 대상 물건을 빼고도 공시가격 합계가 기본공제 9억원 이하라면 어차피 종부세가 0원이라 차이가 없어요. 다만 공시가격은 매년 바뀌니까 올해 기준으로 다시 확인해보시는 게 좋습니다.
Q. 공시가격 2억짜리 주택 하나면 얼마나 늘어나나요?
과세표준이 1억 2천만원 늘어납니다. 낮은 세율 구간에만 걸리면 약 60만원이지만, 이건 최소값이에요. 기존 과세표준이 높거나 주택 수가 3채를 넘기면 훨씬 커집니다.
Q. 세율이 바뀐다는 게 무슨 뜻인가요?
합산배제 주택은 주택 수에서도 빠집니다. 신청을 안 하면 주택 수가 늘어서 3주택 이상 중과세율 대상이 될 수 있어요. 과세표준 12억원을 넘는 구간부터 2주택 이하 1.3%가 3주택 이상에서는 2.0%로 올라갑니다.
Q. 농어촌특별세도 같이 늘어나나요?
네. 농특세는 종부세액의 20%로 계산되기 때문에 종부세가 늘면 같이 늘어납니다. 종부세 100만원이 늘면 농특세 20만원이 추가돼요.
Q. 임대주택이면 전부 합산배제 대상인가요?
아닙니다. 지자체 임대사업자 등록과 세무서 사업자등록, 임대의무기간, 임대료 증액 제한 요건을 모두 충족해야 합니다. 등록이 말소됐거나 증액 제한을 어겼다면 대상에서 빠질 수 있어요.
Q. 정확한 금액은 어디서 확인하나요?
홈택스 종합부동산세 간이세액계산을 쓰시면 됩니다. 재산세 중복분 공제와 세부담상한까지 반영되기 때문에 직접 계산한 값보다 정확해요.
정리
정리하면 합산배제를 빠뜨렸을 때 손해는 공시가격 합산만이 아니라 주택 수가 늘면서 세율 구간까지 바뀌는 데서 커집니다.
그런데 임대주택 말고 이사 때문에 일시적으로 2주택이 된 경우는 합산배제가 아니라 다른 서식으로 신청해야 하는데, 이걸 헷갈려서 놓치는 분이 많아요.
어떤 서류를 어디에 내야 하는지 확인해보세요
